Juan Román Riquelme anotó para los argentinos a los 24 minutos de juego, mientras que Paulinho descontó a los 50 para el 'Timao', campeón de la última edición de la Libertadores.
El partido quedó rodeado de polémica por el arbitraje del paraguayo Amarilla, que anuló dos goles del Corinthians y dejó sin sanción un penal claro a favor de los brasileños.
"Fue una actuación lamentable la del árbitro, que dejó de marcar dos goles legítimos del Corinthians y un penal claro sobre Emerson", declaró en rueda de prensa el presidente del 'Timao', Mario Gobbi.
"Hay quienes dicen que aún hay un segundo penal que no se cobró", añadió el dirigente.
"Nos hicieron perder", se lamentó Gobbi, exhortando a la Conmebol a que "tome las providencias".
Los goles de Romarinho a los 23 minutos y de Paulinho en el segundo tiempo fueron anulados.
Corinthians necesitaba ganar por una diferencia de dos tantos a los argentinos si quería asegurar su boleto para los cuartos o forzar una final a penales que alargara sus posibilidades.
En el partido de ida, jugado el 1 de mayo en La Bombonera de Buenos Aires, Boca Juniors había ganado 1-0 con gol de Nicolás Blandi.
Los hinchas también mostraron su indignación por el arbitraje y hacia el final del encuentro gritaron consignas contra Amarilla y protagonizaron incidentes menores tras el partido, aunque fueron rápidamente dispersados por la policía.
El DT de Corinthians, Tite, declaró por su parte que por primera vez en su vida fue "cínico" cuando saludó a los árbitros.
"Por primera vez fui cínico en mi vida. Lo admito. Saqué mi lado oscuro. Después que acabó el juego, saludé a los tres, les apreté bien la mano y dije 'felicitaciones mirándolos fijamente", comentó el entrenador.
Amarilla fue asistido por sus compatriotas Rodney Aquino y Carlos Cáceres.
En la próxima fase de la Libertadores Boca se enfrentará a Newell's Old Boys, que este miércoles avanzó a los cuartos de final del torneo después de derrotar por 1-2 a Vélez Sarsfield.
"Vamos a tener que mejorar en el sentido de que los partidos que se vienen ahora van a ser muy difíciles", declaró en rueda de prensa el DT de los 'xeneizes', Carlos Bianchi.
Boca Juniors ya ganó seis veces la Copa Libertadores, mientras que el Corinthians sólo logró el título en una ocasión, en 2012, precisamente tras derrotar a Boca en la final del año pasado.
