Juan abrió el marcador temprano, dos minutos después del pitazo inicial, y Rafael Moura sentenció la clasificación a los 87, poco antes del final.
Los colombianos se habían impuesto 1-0 en la ida en Bogotá.
El 'colorado' gaucho, campeón continental en 2006 y 2010, enfrentará en semifinales a Tigres de México, que eliminó el martes al Emelec ecuatoriano.
Las semifinales de la Copa Libertadores se disputarán entre el 15 y el 22 de julio, según la Conmebol, luego de la celebración de la Copa América en Chile, prevista entre el 11 de junio el 4 de julio.
