Sin embargo el proceso judicial quedó suspendido porque la defensa de Manini presentó un recurso de inconstitucionalidad contra la ley de creación del nuevo Código del Proceso Penal y la de creación de la Fiscalía como servicio descentralizado.
Más tarde, en un discurso ante sus seguidores, Manini insistió con su idea de que la Fiscalía está actuando a pedido del Poder Ejecutivo.
“Se activaron funcionarios dependientes del Estado, se activó la Fiscalía para llevarnos a juicio. A través de nuestra defensa hemos presentado la inconstitucionalidad de esas fiscalías que operan como brazos del Poder Ejecutivo en un caso en el cual el propio Poder Ejecutivo está involucrado”, afirmó Manini.
El general retirado agregó que “la forma de actuar de esta fiscalía, con la discrecionalidad con la que actúa, el ciudadano de a pie no tiene las reales garantías que prevé nuestra Constitución de la República. Creemos que el ciudadano de a pie está expuesto a la voluntad del fiscal si lo va a juzgar o no, según quién sea. Vamos a seguir hasta el fondo expresando todos nuestros pareceres le pese a quien le pese”, dijo.
A la salida del juzgado, el candidato a la vicepresidencia y exescribano de Presidencia, Guillermo Domenech, defendió la inocencia de Manini.
“Manini no retrasó nada porque no tiene por qué denunciar nada. El mando superior de las Fuerzas Armadas, de acuerdo al Articulo 168 número segundo de la Constitución, le corresponde al presidente de la República, no a Manini. El expediente estuvo en Presidencia de la República, fue entregado al ministro Menéndez que lo entregó en la Secretaría de Presidencia y ahí durmió el sueño de los justos hasta que un periodista hizo la denuncia”, afirmó.
Consultado sobre si la Fiscalía no es independiente dijo que “es claro que no lo es”. También respondió afirmativamente a la pregunta sobre si era el presidente el que estaba mandando al fiscal.
El fiscal Rodrigo Morosoli no quizo desarrollar sus argumentos sobre la acusación a Manini pero reafirmó que lo considera el único responsable de un posible delito de omisión.
“Aquí hablamos de dolo, una intención deliberada de no dar cuenta. Es la diferencia entre esta persona y las demás personas que fueron investigadas”, dijo. “Hubo advertencias de sus subordinados, hubo una reflexión de parte de él y una decisión clara de seguir con las cosas y no dar cuenta a la justicia competente ni a sus superior que es el ministro de la cartera en cuestión”, afirmó.